現代的Linux發行版，會提供很好用的套件管理工具，例如Debian/Ubuntu的apt、Fedora/Suse的yum，一般常用的軟體，只要被收錄到發行版的套件庫，就可以用這些套件管理工具進行安裝/移除。
使用套件管理的好處很多，我們只要確定系統設定的套件來源(repository)是可信任的，就可以比較放心地自動完成新軟體安裝，而不需要這個軟體時，它也會幫我們移除乾淨。而軟體因功能更新或修補漏洞，釋出新版本時，只要簡單下個指令就可以幫我們升級所有已安裝的套件。
以apt來說，常用到的功能有：
- 更新本地套件清單：apt-get update
- 尋找某個軟體： apt-cache search 軟體名稱
- 安裝： apt-get install 軟體名稱
- 移除： apt-get remove 軟體名稱
- 升級： apt-get upgrade
有些軟體不存在套件庫，這時候我們就要去抓source或binary的版本，由於安裝過程可能會去更改系統目錄及設定。不透過套件管理工具，自行以其他方式安裝新軟體，具有潛在的風險，因為不同Linux系統的目錄格式可能不同，而網路下載的軟體也可能藏在惡意或疏忽造成的程式碼，會讓系統產生不可預期的影響。
即使軟體本身沒問題，也可以正確安裝到系統目錄下，但需要移除時又會是另一個問題，因為有很多軟體本身並不提供移除功能，系統管理者必須要自己判斷，哪些檔案該刪除、哪些設定該修改成安裝前的樣子。即使軟體有提供移除功能，通常還要使用和安裝時同一個版本，才能正確移除。
就算安裝和移除都不是問題，還要由系統管理者自行解決更新升級的問題。首先，自行安裝的軟體，通常有新版時不會通知，可能因此忽略了安全問題所需要的更新。而到底要先移除在安裝新版，還是可以直接覆蓋成新版，以及新版裝好是不是還要執行什麼程式，才能修正新舊版之間的差異(migration)，這些都有賴系統管理者自己熟讀文件。
而套件管理工具，就是由熟悉這些軟體的開發者，幫我們寫好安裝移除所需的script，並依照特定系統版本將編譯好的程式打包，也會考慮到版本升級的問題。所以我們只要用簡單的指令，就可以完成軟體新增移除的工作。
所以即使Linux系統本身有良好的權限控管機制，也以高效能、安全且穩定著稱，最後還是會因為操作者本身不熟悉或疏忽，造成系統使用一段時間後，存在太多混亂的問題，只能以重灌收場。
有許多操作Windows的習慣，不適合用在Linux作業系統。因為一般人使用的Windows，通常為「個人用途」設計，所以網路下載一個免費軟體，就直接裝上去，是很自然的事；雖然近來的Windows也開始有些權限控管機制，但畢竟多數人還是以自己方便為主，會選擇比較鬆散的權限控制，即使是自己和家人共用同一部Windows電腦，也不太會去限制其他人怎麼存取。
但Linux系統一開始的設計就是「多人多工」的伺服器用途，系統本身需要非常穩定，接觸比較久的使用者都會知道，root(超級使用者)權限是非常恐怖的，一不小心做了蠢事，就會難以挽回。所以一個安全的Linux伺服器，必定會限制root帳號不能使用TELNET、FTP甚至SSH直接登入，也不會給root密碼，只能限定特定帳號以sudo方式執行授權的root的工作。
普通使用者是在受到隔離的環境下操作系統，不能存取系統目錄，很多設定檔不只不能編輯，可能連內容都無法看到。但這樣的設計，對於把Linux拿來當作「個人用途」桌面系統的使用者，就會覺得很麻煩，畢竟是自己的電腦、不是伺服器，當然會需要隨時都有足夠的權限去做任何事。
所以現代的Linux作業系統，像是Ubuntu Desktop，當我們進行的一項操作，如果需要root權限，這時候系統就會自動以sudo方式，讓你只要輸入自己的密碼，就能得以root權限進行操作，並且驗證還可能維持一段時間都有效。
而習慣了權限不受限制的Linux使用者，使用學校的Linux伺服器、租用Linux虛擬主機，或是和別人共用Linux作業系統，可能就會覺得沒有root權限很礙手礙腳。但是對於一台需要長時間運作的Linux伺服器，別說要拿到root權限，即使要把軟體裝到系統目錄都是不可能的。
其實從網路下載的tarball(*.tar.gz)的軟體，並不一定要root權限才能安裝，例如常見的tarball安裝過程會包含3道指令。
./configure
make
make install
其中只有「make install」會需要root權限，原因是一些編譯好的程式，需要複製到系統目錄(例如 /usr)下。但是只要在./configure加上--prefix參數，就能把安裝路徑更改成自己的家目錄。
./configure --prefix=/home/xxx
make
make install
以下以node.js為例，說明如何在沒有root權限的Ubuntu Linux Server系統進行安裝。
由於在Server上，很可能連編譯工具都沒有，對極要求安全的伺服器，提供軟體開發工具，等於幫駭客開了方便之門。所以我們可以用虛擬機器，先建立一個和目標伺服器相同架構(x86或amd64)的Linux開發環境，最好能夠版本也相同。
由於是自己的Linux，所以可以用sudo安裝node.js需要的開發工具。
sudo apt-get install g++ curl libssl-dev apache2-utils git-core
接著按照安裝教學文件的方法，把node.js裝到自己的家目錄(請注意--prefix參數)。
git clone git://github.com/joyent/node
cd clone
./configure --prefix=~/pack
make
make install
因為「make install」沒有加sudo，所以使用普通使用者權限進行安裝，而檔案會複製到--prefix參數指定的「~/pack」資料夾下。
安裝完成後，看一下安裝好的檔案。
ls ~/pack
我們可以看到 bin、include、lib、share 這些子目錄被建立在pack目錄下，也就是原本應該裝到系統目錄下的結構，被放到pack目錄下。我們可以將pack打包，指令用tar即可。
cd ~
tar zcvf my-pack.tar.gz pack
接著，把my-pack.tar.gz上傳到Server，再用tar解開。
tar zxvf my-pack.tar.gz
然後，編輯 ~/.profile 再最後加上一行：
export PATH=~/pack/bin:$PATH
重新登入，或是直接在終端機執行上面的export指令，就可以下「node」指令。
node --version
等等，萬一出現LIBRARY找不到的錯誤訊息，怎麼辦？
上面的步驟，是假設Server已經有「node.js」需要的library，例如libssl等，因為我們並沒有自行編譯打包相依的library。所以這種方法，適合想安裝到Server的軟體，該有的基本library都已經存在，把編譯好的程式丟上去就能跑的情況。
如果Server缺東缺西，那麼也只有幾種選擇了...
- 請系統管理員裝上(如果是基本該有的library，這算合理要求吧)
- 每樣東西都自己編譯打包(但這也太累了吧)
- 架一台自己的Server
如果上述都沒問題，以普通使用者權限執行「node.js」會不會有其他問題呢？答案還是有的，因為Linux通常會限制1~1023這些port只能由root權限執行的程式listen，因為這個範圍包含很多常用的重要網路服務，所以要避免被心懷不軌的使用者程式冒用。普通使用者執行的程式，是無法使用這些port，而node.js的範例使用8124就沒問題。
var http = require('http');
http.createServer(function (req, res) {
res.writeHead(200, {'Content-Type': 'text/plain'});
res.end('Hello World\n');
}).listen(8124, "127.0.0.1");
console.log('Server running at http://127.0.0.1:8124/');是不是只要別用1~1023這些port就可以呢？答案是不一定，因為注重安全的伺服器還會設定防火牆，所以並不是程式開port成功，就一定能接受遠端的連線。對於多人共享的虛擬主機，即使有開放SSH，廠商當然也不會希望客戶自己跑自己的server程式，因為那會佔用CPU/RAM，使用者自己跑的server程式可能會有些無法控管的行為。
由於目前的虛擬化技術已經很成熟，所以真的有需要架設網路應用程式，除了自己架設伺服器的方案外，也可以向虛擬主機商租用VPS(虛擬專屬主機，行銷的講法叫作雲端伺服器)，就能享有全部的管理權限。租用VPS雖然有完全專屬作業系統，可以自己架設需要的服務，但是記憶體、磁碟容量和處理器用量都會有所限制，這時對Linux系統管理的熟悉度，就會影響作業系統和伺服器的最佳化。
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